Prozkoumání výsledků

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

John Blischak

Instructor

Prozkoumání výsledků

# Create a Venn diagram
vennDiagram(results)

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Histogramy p-hodnot

  • Funkce limma topTable

  • Zadání kontrastu

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Vulkanický graf

  • Funkce limma volcanoplot

  • Osa x: logaritmus fold change exprese mezi porovnávanými skupinami

  • Osa y: logaritmus šance na diferenciální expresi

  • Zadání kontrastu, např. coef = "dox_wt"

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Testování obohacení KEGG

  • Funkce limma kegga a topKEGG

  • Zadání kontrastu, např. coef = "dox_wt"

  • Zadání druhu myši pomocí species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Pojďme si procvičit!

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Preparing Video For Download...