Data diferenciální exprese

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

John Blischak

Instructor

Experimentální data

Studie rakoviny prsu
- Bioconductor balíček „breastCancerVDX"
- Publikováno ve Wang et al., 2005 a Minn et al., 2007
- 344 pacientů: 209 ER+, 135 ER-
Studie chronické lymfocytární leukémie (CLL)
- Bioconductor balíček „CLL"
- Dr. Sabina Chiaretti a Jerome Ritz
- 22 pacientů: 8 stabilních, 14 progresivních

Data v R

Matice exprese (x)
Data příznaků (f) – atributy příznaků
Fenotypová data (p) – atributy vzorků

Matice exprese

řádky = příznaky, sloupce = vzorky

class(x)

"matrix"

dim(x)

22283   344

x[1:5, 1:5]

              VDX_3     VDX_5     VDX_6
1007_s_at 11.965135 11.798593 11.777625
1053_at    7.895424  7.885696  7.949535
117_at     8.259272  7.052025  8.225930

Data příznaků

řádky = příznaky, sloupce = libovolný počet atributů

class(f)

"data frame"

dim(f)

22283   3

f[1:3, ]

          symbol entrez   chrom
1007_s_at   DDR1    780  6p21.3
1053_at     RFC2   5982 7q11.23
117_at     HSPA6   3310    1q23

Fenotypová data

řádky = vzorky, sloupce = libovolný počet atributů

class(p)

"data frame"

dim(p)

344   3

# er = +/- for Estrogen Receptor
p[1:3, ]

      id age       er
VDX_3  3  36 negative
VDX_5  5  47 positive
VDX_6  6  44 negative

Vizualizace genové exprese pomocí krabicového grafu

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(x[1, ] ~ p[, "er"], main = f[1, "symbol"])

Pojďme procvičovat!

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R