Analýza diferenciální exprese

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

John Blischak

Instructor

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Cíl analýzy diferenciální exprese

  • Identifikace genů spojených s fenotypem zájmu
  • Příklady:
    • Reakce na podnět, např. lék
    • Změny během vývoje
    • Vliv genetické mutace
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Proč diferenciální exprese?

  • Novost

    • Existují další geny zájmu?

  • Kontext

    • Je měření daného genu jedinečné, nebo běžné?

  • Systémy

    • Které biologické dráhy jsou důležité?
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Mnoho kroků k dokončení experimentu

  • Návrh studie
  • Provedení experimentu
  • Sběr dat
  • Předpracování dat
  • Explorace dat
  • Testování dat
  • Interpretace výsledků
  • Sdílení výsledků
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Omezení

  • Měření jsou relativní, nikoli absolutní

  • Statistické metody nezachrání špatně navrženu studii

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Pojďme procvičovat!

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Preparing Video For Download...