Předzpracování dat

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

John Blischak

Instructor

Mechanismus kardiotoxicity indukované doxorubicinem

  • Design 2x2 pro studium mechanismu doxorubicinu:
    • 2 genotypy: divoký typ (wt), Top2b null (top2b)
    • 2 léčby: PBS (pbs), doxorubicin (dox)
    • Zhang et al. 2012
dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Prozkoumání příznaků

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Kroky předzpracování

  • Logaritmická transformace

  • Normalizace kvantilem

  • Filtrování

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Ověření správnosti: Boxplot Top2b

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Kontrola zdrojů variability

  • Analýza hlavních komponent

  • Funkce limma plotMDS

  • Kolik shluků očekáváte?

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Pojďme si procvičit!

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Preparing Video For Download...