Úvod do diferenciální vazby

ChIP-seq s Bioconductor v R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq s Bioconductor v R

Porovnání vzorků

  • Dvě skupiny vzorků: primární a na léčbu rezistentní nádor.

Otázky, na které hledáme odpovědi:

  • Jsou vzorky ze stejné skupiny obecně podobné?
  • Liší se vzorky z různých skupin?
  • Jaké jsou tyto rozdíly?
ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

Grafy PCA pro data ChIP-seq

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq s Bioconductor v R

Hierarchické shlukování

Výpočet vzdálenosti mezi vzorky

distance <- dist(t(coverage))

Vytvoření dendrogramu

dendro <- hclust(distance)

Vykreslení dendrogramu

plot(dendro)
ChIP-seq s Bioconductor v R

Heatmapy

Vytvoření heatmapy z dat pokrytí pro peaky

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq s Bioconductor v R

Pojďme si procvičit!

ChIP-seq s Bioconductor v R

Preparing Video For Download...