Co je ChIP-seq?

ChIP-seq s Bioconductor v R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

Data

  • Pacienti s rakovinou prostaty
    • 5 vzorků primárního nádoru
    • 3 vzorky rezistentní na léčbu
  • ChIP cílí na androgenní receptor
  • AR je aktivován vazbou testosteronu
  • Aktivovaný AR reguluje expresi cílových genů
ChIP-seq s Bioconductor v R

Přístup k datům ChIP-seq v R

  • Načítání souborů BAM
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Získání souřadnic čtení
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Výpočet pokrytí
coverage(reads)
ChIP-seq s Bioconductor v R

Přístup k volaným píkům

  • Načítání souborů BED
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Získání souřadnic píků
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Extrakce skóre píků
score(peaks)
ChIP-seq s Bioconductor v R

Pojďme procvičovat!

ChIP-seq s Bioconductor v R

Preparing Video For Download...