Import dat

ChIP-seq s Bioconductor v R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq s Bioconductor v R

Zpracování sekvenčních čtení

  • Obvykle uloženy ve formátu Binary Sequence Alignment/Map (BAM).
  • Pole záznamu BAM:
    • Název čtení: SRR1782620.7265769
    • Binární příznak: 0
    • Název referenční sekvence a pozice zarovnání: chr20 29803915
    • Kvalita mapování: 0
    • Řetězec CIGAR (souhrn zarovnání): 51M
    • Referenční sekvence a pozice párového čtení (zde nevyužito): 0 0
    • Sekvence čtení: AATGAAATGGAA ...
    • Kvalita čtení (kódování ASCII): CCCFFFFFHHHH ...
ChIP-seq s Bioconductor v R

Import mapovaných čtení do R

  • K práci se soubory BAM slouží balíček Rsamtools.
  • Rsamtools poskytuje funkce pro indexování, čtení, filtrování a zápis souborů BAM.

K importu mapovaných čtení použijte readGAlignments.

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

Vrací objekt GAlignments.

ChIP-seq s Bioconductor v R

Import vybraných oblastí

  • K definování oblastí zájmu použijte BamViews.
library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)
  • Poté importujte čtení jako dříve.
reads <- readGAlignments(views)

Funkce BamViews podporuje více souborů BAM.

ChIP-seq s Bioconductor v R

Import vrcholových volání

K načtení vrcholových volání ze souboru BED použijte import.bed.

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

Pomocí peaks definujte pohledy do souborů BAM.

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)
ChIP-seq s Bioconductor v R

Pojďme cvičit!

ChIP-seq s Bioconductor v R

Preparing Video For Download...