Opakování ChIP-seq

ChIP-seq s Bioconductor v R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Opakování: Import dat

Načtení peak calls

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Vytvoření objektu BamViews

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Načtení čtení

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq s Bioconductor v R

Opakování: Vizualizace dat ChIP-seq

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

Opakování: Diferenciální vazba

ChIP-seq s Bioconductor v R

Opakování: Analýza obohacení

ChIP-seq s Bioconductor v R

Jak dál

ChIP-seq s Bioconductor v R

Skvělá práce!

ChIP-seq s Bioconductor v R

Preparing Video For Download...