Čištění dat ChIP-seq

ChIP-seq s Bioconductor v R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Časté problémy

Nesprávně mapovaná čtení mohou generovat falešné peaky.

  • Genomické repetice.

ChIP-seq s Bioconductor v R

Časté problémy

Nesprávně mapovaná čtení mohou generovat falešné peaky.

  • Genomické repetice.

  • Neúplná referenční sekvence.

ChIP-seq s Bioconductor v R

Časté problémy

Nesprávně mapovaná čtení mohou generovat falešné peaky.

  • Genomické repetice.

  • Neúplná referenční sekvence.

  • Oblasti s nízkou komplexitou.

ChIP-seq s Bioconductor v R

ChIP-seq s Bioconductor v R

Amplifikační zkreslení

  • Fragmenty DNA extrahované z buněk jsou před sekvenováním vícenásobně kopírovány.
  • Ne všechny fragmenty produkují stejný počet kopií.
  • Může dojít k sekvenování více kopií téhož fragmentu.
  • Jeden fragment DNA může nadhodnotit pokrytí a vést k nesprávným voláním peaků.
ChIP-seq s Bioconductor v R

Zprávy o kontrole kvality

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

ChIP-seq s Bioconductor v R

Příprava vstupních souborů

SampleID Factor Condition Tissue Treatment bamReads Peaks PeakCaller
S1 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S1.bam S1.bed macs
S2 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S2.bam S2.bed macs
... ... ... ... ... ... ... ...
ChIP-seq s Bioconductor v R

Čištění dat

  • Odstranění duplicitních čtení.
  • Odstranění čtení s více zásahy.
  • Odstranění čtení s nízkou kvalitou mapování.
  • Odstranění peaků v zakázaných oblastech.
ChIP-seq s Bioconductor v R

Čištění dat

  • Odstranění duplicitních čtení.
  • Odstranění čtení s více zásahy.
  • Odstranění čtení s nízkou kvalitou mapování.
  • Odstranění peaků v zakázaných oblastech.
ChIP-seq s Bioconductor v R

Čištění dat

  • Odstranění duplicitních čtení.
  • Odstranění čtení s více zásahy.
  • Odstranění čtení s nízkou kvalitou mapování.
  • Odstranění peaků v zakázaných oblastech.
    • Zakázané oblasti jsou dostupné z projektu ENCODE.
ChIP-seq s Bioconductor v R

Pojďme si procvičit!

ChIP-seq s Bioconductor v R

Preparing Video For Download...