Reprezentace síťových dat pomocí pandas

Intermediate Network Analysis in Python

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Soubory CSV pro ukládání síťových dat

  • Soubor CSV
person,party,weight
Barrett.Samuel,LondonEnemies,1
Barrett.Samuel,StAndrewsLodge,1
Marshall.Thomas,LondonEnemies,1
Eaton.Joseph,TeaParty,1
Bass.Henry,LondonEnemies,1
Intermediate Network Analysis in Python

Soubory CSV pro ukládání síťových dat

  • Výhody:
    • Čitelné pro člověka
    • Další analýza pomocí pandas
  • Nevýhody:
    • Redundance; místo na disku
  • Dva DataFramy: seznam uzlů a hran
Intermediate Network Analysis in Python

Seznam uzlů a seznam hran

  • Seznam uzlů
    • Každý řádek je jeden uzel
    • Sloupce představují metadata uzlu
  • Seznam hran
    • Každý řádek je jedna hrana
    • Sloupce představují metadata hrany
Intermediate Network Analysis in Python

Pandas a grafy

list(G.nodes(data=True))

[(0, {'bipartite': 0}),
(1, {'bipartite': 0}),
(2, {'bipartite': 0}),
...]

nodelist = []

for n, d in G.nodes(data=True):
    node_data = dict() 
    node_data['node'] = n

    node_data.update(d)

    nodelist.append(node_data)
Intermediate Network Analysis in Python

Pandas a grafy

nodelist

[{'bipartite': 0, 'node': 0},
{'bipartite': 0, 'node': 1},
{'bipartite': 0, 'node': 2},
{'bipartite': 0, 'node': 3},
{'bipartite': 0, 'node': 4},...]
Intermediate Network Analysis in Python

Pandas a grafy

import pandas as pd
pd.DataFrame(nodelist)

  bipartite  node
0           0     0
1           0     1
2           0     2
3           0     3
4           0     4
5           1     5
6           1     6
7           1     7

pd.DataFrame(nodelist).to_csv('my_file.csv')
Intermediate Network Analysis in Python

Pojďme si procvičit!

Intermediate Network Analysis in Python

Preparing Video For Download...