Měření přínosů

Paralelní programování v R

Nabeel Imam

Data Scientist

Jednoduchý příklad

numbers <- 1:1000000


# Sequential
sqroots <- lapply(numbers, sqrt)


# Parallel
cl <- makeCluster(4)
sqroots <- parLapply(cl, numbers, sqrt)
stopCluster(my_cluster)

Který bude rychlejší?

Benchmarking výkonu

Spusťte kód vícekrát pro odhad průměrné doby běhu

library(microbenchmark)


microbenchmark(
  "Sequential" = lapply(numbers, sqrt),

  "Parallel" = {
    cl <- makeCluster(4)
    parLapply(cl, numbers, sqrt)
    stopCluster(my_cluster)
  },

  times = 10
)

Unit: milliseconds
      expr     min    mean     max neval
Sequential  633.96  838.09  993.59    10
  Parallel 1136.95 1247.29 1557.58    10

Jednoduché numerické operace zřídka těží z paralelizace
Profilování poskytuje přehled po řádcích, benchmarking celkové časy běhu

Slon v místnosti

sqroots <- sqrt(numbers)

Slon sedí na pohovce v obývacím pokoji a lidé jeho přítomnost berou na vědomí.

Vektorizace

sqroots <- sqrt(numbers)

Základní funkce R, jako sqrt(), jsou vektorizované.
Aplikují jednu funkci na mnoho vstupů
Velmi rychlé, ale použitelné jen pro jednoduché operace

microbenchmark(
  "Vectorized" = sqrt(numbers),
  "Sequential" = lapply(numbers, sqrt),
  "Parallel" = {
    cl <- makeCluster(4)
    parLapply(cl, numbers, sqrt)
    stopCluster(my_cluster)
  },
  times = 10)

Unit: milliseconds
      expr       min      mean      max neval
Vectorized    2.3904    9.2071   66.303    10
Sequential  352.1166  771.7491 1004.753    10
  Parallel 1191.3176 1377.6926 1700.316    10

Bootstrap

Vzorkování z aktuálních dat s opakováním

print(ls_df)

$`2001`
   Country             Life_expectancy  Year
 1 Afghanistan                    56.3  2001
 2 Albania                        74.3  2001
 3 Algeria                        71.1  2001
...
$`2002`
   Country             Life_expectancy  Year
 1 Afghanistan                    56.8  2002
 2 Albania                        74.6  2002
 3 Algeria                        71.6  2002
...

Klasická verze

df <- ls_df$`2001`


estimates <- rep(0, 10000)


for (i in 1:10000) {

  b <- sample(df$Life_expectancy,
              replace = T)


  estimates[i] <- mean(b)
  }

Histogram bootstrapových odhadů globální průměrné délky života v roce 2001 zobrazující klasickou zvonovou křivku.

Interval spolehlivosti pomocí kvantilů: quantile(estimates, c(0.025, 0.975))

Dobrá zpráva

Bootstrapy lze paralelizovat

estimates <- rep(0, 10000)

for (i in 1:10000) {

  b <- sample(df$Life_expectancy,
              replace = T)

  estimates[i] <- mean(b)
  }

boot_dist <- function (df) {

  estimates <- rep(0, 10000)

  for (i in 1:10000) {
    b <- sample(df$Life_expectancy, replace = T)
    estimates[i] <- mean(b)
  }

  return(estimates)
}


cl <- makeCluster(4)
ls_dists <- parLapply(cl, ls_df, boot_dist)
stopCluster(cl)

Přínosy

microbenchmark(
  "lapply" = lapply(ls_df, boot_dist),
  "parLapply" = {
    cl <- makeCluster(4)
    parLapply(cl, ls_df, boot_dist)
    stopCluster(cl)
  },
  times = 10
)

Unit: seconds
     expr    min   mean    max neval
   lapply 3.6938 4.2184 4.5267    10
parLapply 1.9006 2.5166 2.7292    10

Jak na to:

Profilovat kód, identifikovat nejpomalejší část
Paralelizovat/optimalizovat tento krok
Benchmarkovat a porovnat

Pojďme si procvičit!

Paralelní programování v R