Vizualizace sítí

Úvod do analýzy sítí v Pythonu

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Iracionální vs. racionální vizualizace

Dvě reprezentace velkých grafů. V obou případech je struktura grafu nepřehledná, připomíná chomáč vlasů, což ztěžuje interpretaci.

Vizualizace sítí

Maticové grafy
Obloukové grafy
Circos grafy

Vizualizace sítí

Maticové grafy
Obloukové grafy
Circos grafy

Maticový graf

Matice 3×3 s názvy sloupců A, B, C a stejnými názvy řádků. Buňky jsou černě zvýrazněny tam, kde jsou odpovídající uzly v grafu propojeny. Vedle je graf se třemi uzly A, B, C. A a B jsou propojeny, A a C jsou propojeny, ale B a C přímo propojeny nejsou.

Maticový graf

Stejná matice a graf jako předtím, ale nyní je diagonála matice šedě zvýrazněna.

Maticový graf

Stejná matice a graf jako předtím, ale nyní jsou buňky (A, B) a (B, A) zvýrazněny žlutě. Hrana grafu mezi uzly A a B je také žlutá.

Maticový graf

Stejná matice a graf jako předtím, ale nyní jsou buňky (A, C) a (C, A) zvýrazněny žlutě. Hrana grafu mezi uzly A a C je také žlutá.

Orientované matice

ch1-3.012.png

Vizualizace sítí

Maticové grafy
Obloukové grafy
Circos grafy

Obloukový graf

Dva grafy se třemi uzly. Oba mají uzly označené A, B a C a hrany mezi A a B a mezi A a C. První graf rozmísťuje uzly do přímky a používá zakřivené hrany. Druhý graf rozmísťuje uzly v rovině a používá přímé hrany.

Vizualizace sítí

Maticové grafy
Obloukové grafy
Circos grafy

Circos graf

ch1-3.018.png

Circos graf

Dva grafy se šesti uzly. Levý graf rozmísťuje uzly do kruhu a používá kruhové oblouky pro hrany. Pravý graf rozmísťuje uzly náhodně a používá přímé hrany.

nxviz API

import nxviz as nv
import matplotlib.pyplot as plt

ap = nv.arc(G)

plt.show()

Pojďme cvičit!

Úvod do analýzy sítí v Pythonu