Pakiet parallel - parApply

Wydajny kod w R

Colin Gillespie

Jumping Rivers & Newcastle University

Pakiet parallel

apply() działa podobnie do pętli for
- Stosujemy funkcję do każdego wiersza/kolumny macierzy
Macierz 10 kolumn, 10 000 wierszy:

m <- matrix(rnorm(100000), ncol = 10)

res <- apply(m, 1, median)

Wczytaj pakiet
- Określ liczbę rdzeni
- Utwórz obiekt klastra
- Użyj parApply()
- Zatrzymaj!

library("parallel")

copies_of_r <- 7

cl <- makeCluster(copies_of_r)

parApply(cl, m, 1, median)

stopCluster(cl)

Jak powiedział Lewis Carroll:

Im szybciej idę, tym bardziej się spóźniam.

# Wersja szeregowa
apply(m, 1, median)

# Wersja równoległa
parApply(cl, m, 1, median)

Wydajny kod w R