Jak znaleźć wąskie gardło?

Wydajny kod w R

Colin Gillespie

Jumping Rivers & Newcastle University

Profilowanie kodu

Ogólna idea polega na tym, aby:

Uruchomić kod
Co kilka milisekund rejestrować, co jest aktualnie wykonywane
Rprof() jest wbudowane w R i robi dokładnie to
- Trudne w użyciu
Zamiast tego użyj profvis

Zbiór danych IMDB

Z pakietu ggplot2movies

data(movies, package = "ggplot2movies")
dim(movies)

58788    24

Ramka danych: ok. 60 000 wierszy i 24 kolumny
Każdy wiersz odpowiada jednemu filmowi

Braveheart

braveheart = movies[7288,]

Rok	Długość	Ocena
1995	177	8.3

Przykład: Braveheart

# Load data
data(movies,
     package = "ggplot2movies")
braveheart <- movies[7288,]
movies <- movies[movies$Action==1,]

plot(movies$year, movies$rating,
     xlab = "Year", ylab = "Rating")

# local regression line
model <- loess(rating ~ year,
               data = movies)
j <- order(movies$year)
lines(movies$year[j],
      model$fitted[j],
      col = "forestgreen")

points(braveheart$year,
       braveheart$rating,
       pch = 21,
       bg = "steelblue")

Profvis

RStudio ma wbudowaną obsługę profilowania z profvis
- Zaznacz kod, który chcesz profilować
- Profile -> Profile Selected lines

Wiersz poleceń

library("profvis")

profvis({

data(movies, package = "ggplot2movies") # Load data
braveheart <- movies[7288,]
movies <- movies[movies$Action == 1,]
plot(movies$year, movies$rating, xlab = "Year", ylab="Rating")
model <- loess(rating ~ year, data = movies) # loess regression line
j <- order(movies$year)
lines(movies$year[j], model$fitted[j], col="forestgreen", lwd=2)
points(braveheart$year, braveheart$rating,
     pch = 21, bg = "steelblue", cex = 3)

})

Która linia będzie najwolniejsza?

Czas na ćwiczenia!

Wydajny kod w R