Pomiary w czasie

Analiza obrazów biomedycznych w Pythonie

Stephen Bailey

Instructor

Frakcja wyrzutowa

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

bicie serca

Frakcja wyrzutowa

Procedura

Segmentacja lewej komory
Dla każdej objętości 3D w serii czasowej oblicz objętość
Wybierz minimum i maksimum
Oblicz frakcję wyrzutową

Obliczanie objętości dla każdego punktu czasowego

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

wykres serii czasowej

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

Obliczanie frakcji wyrzutowej

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

maksimum i minimum obok siebie

Czas na ćwiczenia!

Analiza obrazów biomedycznych w Pythonie