Wizualizacja regresji Poissona

Uogólnione modele liniowe w R

Richard Erickson

Instructor

Kiedy używać geom_smooth z Poissonem

Najlepiej sprawdza się dla ciągłych zmiennych predykcyjnych
np. rosnąca dawka a liczba komórek rakowych na cm$^2$
W przeciwnym razie należy użyć wykresu pudełkowego lub podobnego

Badanie wpływu dawki na komórki rakowe

Symulacja danych
Zależność dawka-odpowiedź
- x: Dawka
- y: Liczba komórek rakowych na cm$^2$

Wykres punktowy

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
    geom_point()

Wykres ggplot z punktami

Punkty z jitterem

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)

Przykład punktów z jitterem w ggplot2

geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth()

Przykład domyślnego geom_smooth() na punktach z jitterem

GLM z geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth(method = 'glm')

Przykład GLM z geom_smooth() i domyślnym GLM (LM)

GLM Poissona z geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05) +
   geom_smooth(method = 'glm', method.args = list(family = 'poisson'))

Przykład wykresu regresji Poissona

Podsumowanie kroków

Wizualizacja punktów bez nakładania
Dodanie linii trendu Poissona
Dopracowanie wykresu (tutaj pominięte)

Czas na ćwiczenia!

Uogólnione modele liniowe w R