Wizualizacja sieci

Wprowadzenie do analizy sieci w Pythonie

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Wizualizacje nieczytelne vs. czytelne

Dwie reprezentacje dużych grafów. W obu przypadkach struktura grafu jest chaotyczna, przypominająca kłębek włosów, co utrudnia interpretację.

Wizualizacja sieci

Wykresy macierzowe
Wykresy łukowe
Wykresy Circos

Wizualizacja sieci

Wykresy macierzowe
Wykresy łukowe
Wykresy Circos

Wykres macierzowy

Macierz 3x3 z kolumnami A, B, C i wierszami A, B, C. Komórki są zaczernione tam, gdzie węzły w grafie są połączone. Obok widnieje graf z trzema węzłami: A, B i C. A jest połączone z B i C, ale B i C nie są bezpośrednio połączone.

Wykres macierzowy

Ta sama macierz i graf co poprzednio, ale przekątna macierzy jest zaznaczona na szaro.

Wykres macierzowy

Ta sama macierz i graf co poprzednio, ale komórki (A, B) i (B, A) są zaznaczone na żółto. Krawędź między węzłami A i B w grafie jest również żółta.

Wykres macierzowy

Ta sama macierz i graf co poprzednio, ale komórki (A, C) i (C, A) są zaznaczone na żółto. Krawędź między węzłami A i C w grafie jest również żółta.

Macierze skierowane

ch1-3.012.png

Wizualizacja sieci

Wykresy macierzowe
Wykresy łukowe
Wykresy Circos

Wykres łukowy

Dwa grafy z trzema węzłami każdy. Oba mają węzły A, B i C oraz krawędzie między A i B oraz A i C. Pierwszy graf układa węzły w linii i używa krzywych krawędzi. Drugi rozmieszcza węzły dowolnie i używa prostych krawędzi.

Wizualizacja sieci

Wykresy macierzowe
Wykresy łukowe
Wykresy Circos

Wykres Circos

ch1-3.018.png

Wykres Circos

Dwa grafy z sześcioma węzłami każdy. Lewy wykres rozmieszcza węzły w okręgu i używa łuków kołowych jako krawędzi. Prawy rozmieszcza węzły losowo i używa prostych krawędzi.

API nxviz

import nxviz as nv
import matplotlib.pyplot as plt

ap = nv.arc(G)

plt.show()

Czas na ćwiczenia!

Wprowadzenie do analizy sieci w Pythonie