Rola S4 w Bioconductor

Wprowadzenie do Bioconductor w R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

Zalety

CRAN, proste lecz wydajne
Elastyczne i interaktywne
Używa funkcji generycznej
Funkcjonalność zależy od pierwszego argumentu
Przykład: plot() i methods(plot)

Wady

Słaba walidacja typów i konwencji nazewnictwa (kropka tak czy nie?)
Dziedziczenie działa, ale zależy od danych wejściowych

S4

Zalety

Formalna definicja klas
Możliwość ponownego użycia w Bioconductor
Walidacja typów
Konwencje nazewnictwa

Przykład: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

Wady

Złożona struktura w porównaniu z S3

S4 czy nie?

Sprawdzenie, czy obiekt jest S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

str obiektów S4 zaczyna się od Formal class

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

Definicja klasy S4

Klasa opisuje reprezentację

name
slots (metody/pola)
contains (definicja dziedziczenia)

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

Podsumowanie obiektu

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

Czas na ćwiczenia!

Wprowadzenie do Bioconductor w R