Projekt Bioconductor

Wprowadzenie do Bioconductor w R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Bioconductor

Bioconductor

1 Bioconductor (www.bioconductor.org)
Wprowadzenie do Bioconductor w R

Co mierzymy i dlaczego?

  • Struktura: elementy, regiony, rozmiar, kolejność, relacje

structure-parts

  • Funkcja: ekspresja, poziomy, regulacja, fenotypy

function

Wprowadzenie do Bioconductor w R

Jak instalować pakiety Bioconductor?

  • Bioconductor posiada własne repozytorium i sposób instalacji pakietów
# Install BiocManager
install.packages("BiocManager")

# Install the GenomicRanges package
BiocManager::install("GenomicRanges")
Wprowadzenie do Bioconductor w R

Wersja Bioconductor i wersje pakietów

# Load BiocManager
library(BiocManager)


# Check Bioconductor version
version()
Wprowadzenie do Bioconductor w R

Sprawdzanie wersji pakietów

# Load GenomicRanges
library(GenomicRanges)


# Check versions for reproducibility
sessionInfo()
Wprowadzenie do Bioconductor w R

Aktualizacje pakietów

# Check for package updates
valid()
Wprowadzenie do Bioconductor w R

Czas na ćwiczenia!

Wprowadzenie do Bioconductor w R

Preparing Video For Download...