Wprowadzenie do biologii zbiorów danych genomowych

Wprowadzenie do Bioconductor w R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Organizmy z królestw życia

Elementy DNA

Elementy genomu

Alfabet DNA z informacją genetyczną
Zestaw chromosomów (liczba bardzo zmienna)
Geny (nośniki instrukcji dziedziczenia)
- kodujące i niekodujące
Białka (odpowiedzialne za określone funkcje)
- DNA→RNA (transkrypcja)
- RNA→białko (translacja)

Drożdże

Jednokomórkowy mikroorganizm
Grzyb, który wszyscy kochają ♥
Stosowany w fermentacji: piwo, chleb, kefir, kombucha, bioremediacja itp.
Nazwa: Saccharomyces cerevisiae lub S. cerevisiae

Drożdże

BSgenome annotation package

# Load the package and store data into yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Other available genomes
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

Pobieranie sekwencji

getSeq(): metoda S4 dla BSgenome

# Select entire genomic sequence
getSeq(yeast)


# Select sequence from chromosome M
getSeq(yeast, "chrM")


# Select first 10 base pairs
getSeq(yeast, end = 10)

Czas na ćwiczenia!

Wprowadzenie do Bioconductor w R