Przegląd analizy DE

RNA-Seq z Bioconductor w R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Przegląd zbioru danych i pytania badawczego

fibrosis_experiment

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przegląd analizy DE

Przepływ pracy DESeq2

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy DESeq2 – model

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy DESeq2: Model

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

Obiekt DESeq

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy DESeq2: Formuła modelu

example_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy DESeq2: Formuła modelu

example_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy DESeq2: Uruchamianie

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

Obiekt DESeq

RNA-Seq z Bioconductor w R

Czas na ćwiczenia!

RNA-Seq z Bioconductor w R

Preparing Video For Download...