Normalizacja liczby odczytów

RNA-Seq z Bioconductor w R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

workflow-normalizacja

RNA-Seq z Bioconductor w R

Normalizacja liczby odczytów

metody_normalizacji

RNA-Seq z Bioconductor w R

Normalizacja głębokości sekwencjonowania

metody_normalizacji

RNA-Seq z Bioconductor w R

metody_normalizacji

RNA-Seq z Bioconductor w R

Efekt składu biblioteki

Skład RNA – normalizacja

RNA-Seq z Bioconductor w R

Normalizacja DESeq2

przykład mediany ilorazów

RNA-Seq z Bioconductor w R

Znormalizowane liczby odczytów: obliczanie

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

czynniki wielkości

RNA-Seq z Bioconductor w R

Znormalizowane liczby odczytów: ekstrakcja

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

znormalizowane_liczby_odczytów

RNA-Seq z Bioconductor w R

Czas na ćwiczenia!

RNA-Seq z Bioconductor w R

Preparing Video For Download...