Analiza różnicowej ekspresji genów

RNA-Seq z Bioconductor w R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

RNA-Seq z Bioconductor w R

Analiza różnicowej ekspresji: vignette DESeq2

vignette(DESeq2)

vignette DESeq2

RNA-Seq z Bioconductor w R

przeglądanie vignette

RNA-Seq z Bioconductor w R

przepływ pracy DESeq2

RNA-Seq z Bioconductor w R

Wczytywanie danych do DESeq2

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

surowe liczby fibrosis wt

RNA-Seq z Bioconductor w R

Wczytywanie danych do DESeq2: metadane

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

metadane fibrosis wt

RNA-Seq z Bioconductor w R

Czas na ćwiczenia!

RNA-Seq z Bioconductor w R

Preparing Video For Download...