Podsumowanie analizy DE RNA-Seq

RNA-Seq z Bioconductor w R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

przepływ pracy

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przygotowanie RNA-Seq

RNA-Seq z Bioconductor w R

Kontrola jakości

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy RNA-Seq: Kontrola jakości surowych danych

Zanieczyszczenie sekwencji

RNA-Seq z Bioconductor w R

Wyrównanie

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy RNA-Seq: Wyrównanie

Wyrównanie2

RNA-Seq z Bioconductor w R

Kwantyfikacja

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy RNA-Seq: Kwantyfikacja

liczby odczytów

RNA-Seq z Bioconductor w R

Pełny przepływ pracy

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przygotowanie do analizy DE: obiekt DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

dane zliczeniowe

RNA-Seq z Bioconductor w R

Czas na ćwiczenia!

RNA-Seq z Bioconductor w R

Preparing Video For Download...