Przepływ pracy RNA-Seq

RNA-Seq z Bioconductor w R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Przepływ pracy RNA-Seq: Projektowanie eksperymentu

  replikaty biologiczne

  • Replikaty techniczne: Zazwyczaj niska zmienność techniczna – zbędne.

  • Replikaty biologiczne: Kluczowe dla analizy ekspresji różnicowej. Im więcej replikatów, tym lepiej – minimum 3.

  • Efekty partii: Należy ich unikać i rejestrować wszystkie zmienne eksperymentalne.

RNA-Seq z Bioconductor w R

przepływ pracy

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przygotowanie RNA-Seq

RNA-Seq z Bioconductor w R

KJ

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy RNA-Seq: Kontrola jakości

Jakość sekwencji

RNA-Seq z Bioconductor w R

Wyrównanie

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy RNA-Seq: Wyrównanie

Wyrównanie do genomu

RNA-Seq z Bioconductor w R

Kwantyfikacja

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przepływ pracy RNA-Seq: Macierz zliczeń

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Macierz zliczeń

RNA-Seq z Bioconductor w R

Pełny przepływ pracy

RNA-Seq z Bioconductor w R

Przykładowe wyniki

RNA-Seq z Bioconductor w R

Pełny przepływ pracy

RNA-Seq z Bioconductor w R

Teraz Twoja kolej!

RNA-Seq z Bioconductor w R

Preparing Video For Download...