Analizy klastrowania bez nadzoru

RNA-Seq z Bioconductor w R

Mary Piper

Instructor

Przepływ pracy DESeq2 – kontrola jakości

RNA-Seq z Bioconductor w R

Klastrowanie bez nadzoru: transformacja logarytmiczna

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq z Bioconductor w R

przykład mapy ciepła

RNA-Seq z Bioconductor w R

Klastrowanie hierarchiczne z mapami korelacji

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

macierz korelacji

RNA-Seq z Bioconductor w R

Klastrowanie hierarchiczne z mapami korelacji

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq z Bioconductor w R

Klastrowanie hierarchiczne z mapami korelacji

mapa ciepła dla typu dzikiego

RNA-Seq z Bioconductor w R

Czas na ćwiczenia!

RNA-Seq z Bioconductor w R

Preparing Video For Download...