Analiza głównych składowych

RNA-Seq z Bioconductor w R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Przykład PCA

Analiza głównych składowych (PCA): Teoria

PCA 2 próbki

Analiza głównych składowych (PCA): Teoria

PC2

Analiza głównych składowych (PCA): Teoria

Wpływ PC

Analiza głównych składowych (PCA): Teoria

Wpływ PCA

Analiza głównych składowych (PCA): Teoria

Wpływ PCA

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5

Wartości próbek PCA

Przykład PCA

Analiza głównych składowych (PCA): Teoria

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

Czas na ćwiczenia!

RNA-Seq z Bioconductor w R