Randomizacje sieci

Analiza sieci w R

James Curley

Associate Professor, University of Texas at Austin

Grafy losowe

erdos.renyi.game(n = gorder(g), p.or.m = edge_density(g), type = "gnp")

Grafy losowe i testy randomizacyjne

Wygeneruj 1000 losowych grafów na podstawie oryginalnej sieci - np. z tą samą liczbą wierzchołków i przybliżoną gęstością.
Oblicz średnią długość ścieżki oryginalnej sieci.
Oblicz średnią długość ścieżki 1000 losowych sieci.
Określ, ile losowych sieci ma średnią długość ścieżki większą lub mniejszą niż oryginalna sieć.

Generowanie 1000 losowych grafów:

gl <- vector('list',1000)

for(i in 1:1000){
    gl[[i]] <- erdos.renyi.game(
                    n = gorder(g), 
                    p.or.m = edge_density(g), 
                    type = "gnp"
                     ) 
}

Obliczanie średniej długości ścieżki dla 1000 losowych grafów:

gl.apls <- unlist(
  lapply(gl, mean_distance, directed = FALSE) 
)

Porównanie z oryginalną siecią

hist(gl.apls, breaks = 20)

abline(
  v = mean_distance(
    g, directed=FALSE
    ),
      col = "red", 
      lty = 3, 
      lwd = 2
)

Czas na ćwiczenia!

Analiza sieci w R