Interpretacja modelu Cox PH

Analiza przeżycia w Pythonie

Shae Wang

Senior Data Scientist

Bazowy hazard

Współczynnik hazardu: o ile hazard wzrasta lub maleje względem bazowego hazardu.
Bazowy hazard: ryzyko dla osób na bazowych poziomach kowariat.
- Bazowy $\neq$ ustawienie kowariat na 0
- Bazowy oznacza ustawienie kowariat na ich średnie (mediana w lifelines)

Bazowe funkcje

Bazowa funkcja hazardu

model.baseline_hazard_.plot()
plt.show()

baseline_hazard

Bazowa funkcja przeżycia

model.baseline_survival_.plot()
plt.show()

baseline_survival

Interpretacja współczynnika hazardu

Współczynnik hazardu: $e^{coef}$, o ile hazard zmienia się względem przeciętnej osoby przy zmianie kowariat.

	Obliczenie	Przykład
Współczynnik	$x$	$0.405$
Współczynnik hazardu	$e^x$	$e^{0.405}=1.5$
Interpretacja hazardu	$e^x-1$	$1.5-1 = 0.5$ -> wzrost hazardu o 50%
Interpretacja czasu przeżycia	$\frac{1}{e^x}-1$	$\frac{1}{1.5}-1 = 0.67-1 = -0.23$ -> spadek czasu przeżycia o 23%

Wizualizacja współczynnika hazardu

.plot_partial_effects_on_outcome()

covariates (string lub lista): nazwa(-y) kowariant(-y) z oryginalnego zbioru danych, które chcemy zmieniać.
- Jeśli jest wiele kowariat, należy przekazać je jako listę.
values (iterowalny 1d lub 2d): wartości, jakie ma przyjmować kowariant.
- Jeśli jest wiele kowariat, wartości należy przekazać jako pary/krotki wartości.

Wizualizacja współczynnika hazardu

Model makowariaty A, B, C, a my chcemy zmieniać

A po wartościach 1, 2

B po wartościach 3, 4

model.plot_partial_effects_on_outcome(
    covariates=["A","B"],
    values=[[1,2],
            [3,4]]
)
plt.show()

wrong_plot_partial_effects_on_outcome

Nieprawidłowo...

Wizualizacja współczynnika hazardu

Model makowariaty A, B, C, a my chcemy zmieniać

A po wartościach 1, 2

B po wartościach 3, 4

model.plot_partial_effects_on_outcome(
    covariates=["A","B"],
    values=[[1,3],
            [1,4],
            [2,3],
            [2,4]]
)
plt.show()

correct_plot_partial_effects_on_outcome

Prawidłowo!

Ćwiczmy!

Analiza przeżycia w Pythonie