Inspekcja wyników

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

John Blischak

Instructor

Inspekcja wyników

# Create a Venn diagram
vennDiagram(results)

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Histogramy p-wartości

  • Funkcja limma topTable

  • Określ kontrast

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Wykres wulkaniczny

  • Funkcja limma volcanoplot

  • Oś x: logarytmiczna zmiana ekspresji między grupami

  • Oś y: logarytm szans różnicowej ekspresji

  • Określ kontrast, np. coef = "dox_wt"

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Testowanie wzbogacenia KEGG

  • Funkcje limma kegga i topKEGG

  • Określ kontrast, np. coef = "dox_wt"

  • Określ gatunek myszy: species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Czas na ćwiczenia!

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Preparing Video For Download...