Analiza ekspresji różnicowej

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

John Blischak

Instructor

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Cel analizy ekspresji różnicowej

  • Identyfikacja genów związanych z fenotypem zainteresowania
  • Przykłady:
    • Odpowiedź na bodziec, np. lek
    • Zmiany podczas rozwoju
    • Efekt mutacji genetycznej
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Dlaczego ekspresja różnicowa?

  • Nowość

    • Czy istnieją dodatkowe geny zainteresowania?

  • Kontekst

    • Czy pomiar danego genu jest unikalny czy powszechny?

  • Systemy

    • Które szlaki biologiczne są istotne?
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Wiele etapów eksperymentu

  • Projektowanie badania
  • Przeprowadzenie eksperymentu
  • Zbieranie danych
  • Wstępne przetwarzanie danych
  • Eksploracja danych
  • Testowanie danych
  • Interpretacja wyników
  • Udostępnianie wyników
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Zastrzeżenia

  • Pomiary są względne, nie bezwzględne

  • Metody statystyczne nie naprawią źle zaprojektowanego badania

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Czas na ćwiczenia!

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Preparing Video For Download...