Wstępne przetwarzanie danych

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

John Blischak

Instructor

Mechanizm kardiotoksyczności wywołanej doksorubicyną

  • Układ 2x2 do badania mechanizmu doksorubicyny:
    • 2 genotypy: dziki typ (wt), null Top2b (top2b)
    • 2 leczenia: PBS (pbs), doksorubicyna (dox)
    • Zhang i in. 2012
dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Inspekcja cech

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Kroki wstępnego przetwarzania

  • Transformacja logarytmiczna

  • Normalizacja kwantylowa

  • Filtrowanie

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Kontrola poprawności: wykres pudełkowy Top2b

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Sprawdzenie źródeł zmienności

  • Analiza głównych składowych

  • Funkcja limma plotMDS

  • Ile klastrów można oczekiwać?

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Czas na ćwiczenia!

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Preparing Video For Download...