Czym jest ChIP-seq?

ChIP-seq z Bioconductor w R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq z Bioconductor w R

ChIP-seq z Bioconductor w R

ChIP-seq z Bioconductor w R

ChIP-seq z Bioconductor w R

ChIP-seq z Bioconductor w R

Dane

  • Pacjenci z rakiem prostaty
    • 5 próbek pierwotnych guzów
    • 3 próbki oporne na leczenie
  • ChIP celujący w receptor androgenowy
  • AR jest aktywowany przez wiązanie testosteronu
  • Aktywowany AR reguluje ekspresję genów docelowych
ChIP-seq z Bioconductor w R

Dostęp do danych ChIP-seq w R

  • Wczytywanie plików BAM
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Pobieranie współrzędnych odczytów
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Obliczanie pokrycia
coverage(reads)
ChIP-seq z Bioconductor w R

Dostęp do wywoływań pików

  • Wczytywanie plików BED
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Pobieranie współrzędnych pików
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Wyodrębnianie wyników pików
score(peaks)
ChIP-seq z Bioconductor w R

Czas na ćwiczenia!

ChIP-seq z Bioconductor w R

Preparing Video For Download...