Importowanie danych

ChIP-seq z Bioconductor w R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq z Bioconductor w R

Obsługa odczytów sekwencji

  • Zazwyczaj przechowywane w plikach formatu Binary Sequence Alignment/Map (BAM).
  • Pola rekordu BAM:
    • Nazwa odczytu: SRR1782620.7265769
    • Flaga binarna: 0
    • Nazwa sekwencji referencyjnej i pozycja wyrównania: chr20 29803915
    • Jakość mapowania: 0
    • Ciąg CIGAR (podsumowanie wyrównania): 51M
    • Sekwencja referencyjna i pozycja odczytu sparowanego (nieużywana): 0 0
    • Sekwencja odczytu: AATGAAATGGAA ...
    • Jakość odczytu (kodowanie ASCII): CCCFFFFFHHHH ...
ChIP-seq z Bioconductor w R

Importowanie zmapowanych odczytów do R

  • Pakiet Rsamtools służy do pracy z plikami BAM.
  • Rsamtools udostępnia funkcje do indeksowania, odczytywania, filtrowania i zapisu plików BAM.

Do importowania zmapowanych odczytów służy readGAlignments.

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

Zwraca obiekt GAlignments.

ChIP-seq z Bioconductor w R

Importowanie wybranych regionów

  • BamViews pozwala zdefiniować regiony zainteresowania.
library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)
  • Następnie odczyty importuje się jak zwykle.
reads <- readGAlignments(views)

Funkcja BamViews obsługuje wiele plików BAM.

ChIP-seq z Bioconductor w R

Importowanie wywołań szczytów

Użyj import.bed, aby wczytać wywołania szczytów z pliku BED.

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

Użyj peaks do zdefiniowania widoków plików BAM.

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)
ChIP-seq z Bioconductor w R

Czas na ćwiczenia!

ChIP-seq z Bioconductor w R

Preparing Video For Download...