Powtórzenie ChIP-seq

ChIP-seq z Bioconductor w R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Powtórzenie: Importowanie danych

Wczytaj wyniki peak calling

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Utwórz obiekt BamViews

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Wczytaj odczyty

reads <- readGAlignments(bam_views)

Czas na samodzielną praktykę!
Zestawy danych do eksploracji znajdziesz w GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/.
Dane wykorzystane w tym kursie są dostępne pod numerem dostępu GSE65478.
Strona Bioconductor: https://bioconductor.org/
Wsparcie Bioconductor: https://support.bioconductor.org/

ChIP-seq z Bioconductor w R