Reprezentowanie danych sieciowych w pandas

Analiza sieci w Pythonie – poziom średniozaawansowany

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Pliki CSV do przechowywania danych sieciowych

  • Plik CSV
person,party,weight
Barrett.Samuel,LondonEnemies,1
Barrett.Samuel,StAndrewsLodge,1
Marshall.Thomas,LondonEnemies,1
Eaton.Joseph,TeaParty,1
Bass.Henry,LondonEnemies,1
Analiza sieci w Pythonie – poziom średniozaawansowany

Pliki CSV do przechowywania danych sieciowych

  • Zalety:
    • Czytelne dla człowieka
    • Dalsza analiza z pandas
  • Wady:
    • Redundancja; zajętość dysku
  • Dwa DataFrame: lista węzłów i krawędzi
Analiza sieci w Pythonie – poziom średniozaawansowany

Lista węzłów i lista krawędzi

  • Lista węzłów
    • Każdy wiersz to jeden węzeł
    • Kolumny zawierają metadane węzła
  • Lista krawędzi
    • Każdy wiersz to jedna krawędź
    • Kolumny zawierają metadane krawędzi
Analiza sieci w Pythonie – poziom średniozaawansowany

Pandas i grafy

list(G.nodes(data=True))

[(0, {'bipartite': 0}),
(1, {'bipartite': 0}),
(2, {'bipartite': 0}),
...]

nodelist = []

for n, d in G.nodes(data=True):
    node_data = dict() 
    node_data['node'] = n

    node_data.update(d)

    nodelist.append(node_data)
Analiza sieci w Pythonie – poziom średniozaawansowany

Pandas i grafy

nodelist

[{'bipartite': 0, 'node': 0},
{'bipartite': 0, 'node': 1},
{'bipartite': 0, 'node': 2},
{'bipartite': 0, 'node': 3},
{'bipartite': 0, 'node': 4},...]
Analiza sieci w Pythonie – poziom średniozaawansowany

Pandas i grafy

import pandas as pd
pd.DataFrame(nodelist)

  bipartite  node
0           0     0
1           0     1
2           0     2
3           0     3
4           0     4
5           1     5
6           1     6
7           1     7

pd.DataFrame(nodelist).to_csv('my_file.csv')
Analiza sieci w Pythonie – poziom średniozaawansowany

Czas na ćwiczenia!

Analiza sieci w Pythonie – poziom średniozaawansowany

Preparing Video For Download...