Wektory ze STL

Optymalizacja kodu R za pomocą Rcpp

Romain François

Consulting Datactive, ThinkR

Wektory Rcpp vs wektory STL

Wektory Rcpp

Cienkie opakowania wektorów R
Zmiana rozmiaru kosztowna: kopiowanie danych za każdym razem

Wektory STL

Niezależne od wektorów R
Tanie zwiększanie i zmniejszanie: amortyzowane kopie

Wyodrębnianie wartości dodatnich z wektora

Zwektoryzowany kod R

extract_positives <- function(x){
    x[x>0]}

Nieefektywny kod rozszerzający wektor w pętli

extract_positives_loop <- function(x){
    y <- numeric()
    for( value in x){
        if( value > 0 ){
            y <- c(x, y)}  }
    y
}

Wyodrębnianie wartości dodatnich: alternatywny algorytm

Pierwsza 🔃 do zliczenia końcowego rozmiaru

NumericVector x ; 
int n = x.size() ;
int np = 0 ;
for( int i=0 ; i<n ; i++ ){ 
    if( ___ ){
        np++ ;
    }
}

Wyodrębnianie wartości dodatnich: alternatywny algorytm

Tworzenie wektora odpowiedniego rozmiaru

NumericVector result(np) ;

Druga 🔃 do wypełnienia wektora

for( int i=0, j=0 ; i<n ; i++ ){
    if( ___ ){
        result[j++] = x[i] ;
    }
}

Prostszy algorytm z użyciem STL

// [[Rcpp::export]]
std::vector<double> positives_stl( NumericVector x ){
    std::vector<double> out ;
    out.reserve( x.size() / 2 ) ;

    for( ___ ; ___ ; ___ ){
        if( ___ ){
            out.push_back(___) ;
        }
    }

    return out ;  
}

Czas na ćwiczenia!

Optymalizacja kodu R za pomocą Rcpp