高级绘图

Python 中的生物医学图像分析

Stephen Bailey

Instructor

绘制 N 维数据需先切片

整条面包

切片面包

一次绘制多张图像

plt.subplots：创建包含多个 AxesSubplots 对象的图形画布。

图形画布示例

import imageio.v2 as imageio
vol = imageio.volread('chest-data', format='DICOM')
fig, axes = plt.subplots(nrows=1,
                         ncols=3)

axes[0].imshow(vol[0],cmap='gray')

axes[1].imshow(vol[10],cmap='gray')
axes[2].imshow(vol[20],cmap='gray')

for ax in axes:
    ax.axis('off')

plt.show()

一次绘制多张图像

子图：胸部体数据序列

非常规定向视图

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
      'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

$$轴向面$$

轴向视图

非常规定向视图

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
     'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

view_0v2 = vol[:, row, :]

$$冠状面$$

冠状面视图

非常规定向视图

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
     'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

view_0v2 = vol[:, row, :]

view_0v1 = vol[:, :, col]

$$矢状面$$

矢状面视图

调整纵横比

像素可有任意纵横比：

纵横比示意

im = vol[:,:,100]
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
d0, d1, d2

(2, 0.5, 0.5)

asp = d0 / d1
asp

plt.imshow(im, cmap='gray',
           aspect=asp)
plt.show()

调整纵横比

矢状面切片

Passons à la pratique !

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