测量形态学

Python 中的生物医学图像分析

Stephen Bailey

Instructor

形态学

作者：Keating, Steven. (2014) - Keating, Steven. (2014). 2007 与 2014 年星形细胞瘤患者的颅脑 MRI 切片。Zenodo. doi:10.5281/zenodo.16852，CC0，https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39593095

Python 中的生物医学图像分析

空间范围

空间范围 等于以下乘积：

  1. 每个元素占用的空间
  2. 数组元素数量

心脏-3D-图像

# Calculate volume per voxel
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
dvoxel = d0 * d1 * d2

# Count label voxels
nvoxels=ndi.sum(1, label, index=1)

# Calculate volume of label
volume = nvoxels * dvoxel
volume

1249023
Python 中的生物医学图像分析

距离变换

在原图上的距离覆盖

          欧氏距离

# 创建左心室掩膜
mask=np.where(labels == 1, 1, 0)
# 以体素为单位
d=ndi.distance_transform_edt(mask)

d.max()

12.3847

# 以空间单位
d=ndi.distance_transform_edt(mask,
    sampling=vol.meta['sampling'])
d.max()

5.8038
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质心

com=ndi.center_of_mass(vol,
                       labels, 
                       index=1)

com

(5.5235, 128.0590, 128.0993)

plt.imshow(vol[5], cmap='gray')
plt.scatter(com[2], com[1])
plt.show()

质心

Python 中的生物医学图像分析

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