掩膜

Python 中的生物医学图像分析

Stephen Bailey

Instructor

掩膜

原始图像

全脑图像

图像掩膜

掩膜

Python 中的生物医学图像分析

创建掩膜

逻辑运算在每个像素得到 True/False

mat = np.array([[1, 2, 3],
                [4, 5, 6],
                [7, 8, 9]])

mat > 5

np.array([[False, False, False],
          [False, False, True ],
          [True,  True,  True ]])

示例运算

运算 示例
大于 im > 0
等于 im == 1
X 且 Y (im > 0) & (im < 5)
X 或 Y (im > 10) | (im < 5)
Python 中的生物医学图像分析

创建掩膜

 

hist=ndi.histogram(im, 0, 255, 256)

 

mask1 = im > 32

足部直方图

足部掩膜 1

Python 中的生物医学图像分析

创建掩膜

 

mask2 = im > 64

 

mask3 = mask1 & ~mask2

足部掩膜 2

足部掩膜 1 和 2

Python 中的生物医学图像分析

应用掩膜

np.where(condition, x, y)  控制哪些数据通过掩膜。

import numpy as np

im_bone = np.where(im > 64, im, 0)

plt.imshow(im_bone, cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()

去除非骨组织的图像

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调整掩膜

m = np.where(im > 64, 1, 0)

足部掩膜 1

ndi.binary_dilation(m,iterations=5)

足部掩膜二值膨胀

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调整掩膜

ndi.binary_erosion(m,iterations=5)

足部掩膜二值腐蚀

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Passons à la pratique !

Python 中的生物医学图像分析

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