时间尺度上的测量

Python 中的生物医学图像分析

Stephen Bailey

Instructor

射血分数

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

射血分数

流程

分割左心室
对时间序列中的每个三维体计算体积
选取最小值与最大值
计算射血分数

计算各时间点体积

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

时间序列折线图

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

计算射血分数

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

最大最小对比

¡Vamos a practicar!

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