S4 在 Bioconductor 中的作用

R 中的 Bioconductor 入门

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

优点

CRAN，简单而强大
灵活、交互式
使用泛型函数
功能取决于第一个参数
例如：plot() 和 methods(plot)

缺点

类型与命名规范校验较弱（点还是不点？）
继承可用，但依赖输入

S4

优点

类的正式定义
Bioconductor 可复用性
具有类型校验
命名规范

示例：myDescriptor <- new("GenomeDescription")

缺点

结构较 S3 更复杂

是 S4 吗？

判断对象是否为 S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

S4 对象的 str 以 Formal class 开头

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

S4 类定义

类描述其表示：

name（名称）
slots（插槽/字段）
contains（继承定义）

MyEpicProject <- setClass(# 使用大驼峰命名类名
                          "MyEpicProject",
                          # 定义插槽，便于校验
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # 定义继承        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

对象摘要

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

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