基因组数据集的生物学导论

R 中的 Bioconductor 入门

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

生命界的生物

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DNA 部件

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基因组要素

  • 遗传信息：DNA 字母表
  • 一组染色体（数量差异很大）
  • 基因（携带遗传指令）
    • 编码与非编码
  • 蛋白质（执行特定功能）
    • DNA→RNA（转录）
    • RNA→蛋白质（翻译）
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酵母

  • 单细胞微生物
  • 人们喜爱的真菌 ♥
  • 用于发酵：啤酒、面包、开菲尔、康普茶、生物修复等
  • 学名：Saccharomyces cerevisiae，简称 S. cerevisiae

酵母

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BSgenome 注释包

# 加载包并将数据存入 yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# 其他可用基因组
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...
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length(yeast)

17

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779
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获取序列

  • getSeq(): 面向 BSgenome 的 S4 方法
# 选择整个基因组序列
getSeq(yeast)


# 选择线粒体染色体序列
getSeq(yeast, "chrM")


# 选择前 10 个碱基
getSeq(yeast, end = 10)
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Passons à la pratique !

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