差异表达分析概览

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

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纤维化实验

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

差异表达分析概览

DESeq2 工作流

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

DESeq2 工作流 - 模型

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

DESeq2 工作流：模型

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

DESeq 对象

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DESeq2 工作流：设计公式

示例元数据

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
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DESeq2 工作流：设计公式

示例元数据

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
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DESeq2 工作流：运行

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

DESeq 对象

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