计数标准化

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

工作流-标准化

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

计数标准化

标准化方法

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

文库深度标准化

标准化方法

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标准化方法

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

文库组成效应

RNA 组成 - 标准化

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

DESeq2 标准化

比率中位数示例

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

标准化计数：计算

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

规模因子

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

标准化计数：提取

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

标准化计数

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Passons à la pratique !

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

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