RNA-Seq 差异表达分析总结

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

工作流程

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

RNA-Seq 制备

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质控

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RNA-Seq 工作流程：原始数据质控

序列污染

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比对

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RNA-Seq 工作流程：比对

比对

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定量

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RNA-Seq 工作流程：定量

计数

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完整流程

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差异表达分析准备：DESeq2 对象

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

计数数据

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Passons à la pratique !

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

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