RNA-Seq 工作流程

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

RNA-Seq 工作流程：实验设计

  生物学重复

  • 技术重复： 一般技术变异低，通常不需要。

  • 生物学重复： 对差异表达分析至关重要。重复越多越好，至少 3 个。

  • 批次效应： 尽量避免，并记录所有实验变量。

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工作流程

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RNA-Seq 制备

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质控

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RNA-Seq 工作流程：质量控制

序列质量

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比对

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RNA-Seq 工作流程：比对

比对到基因组

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定量

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RNA-Seq 工作流程：计数矩阵

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

计数矩阵

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完整流程

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示例结果

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