无监督聚类分析

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

Mary Piper

Instructor

DESeq2 工作流 - 质控

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

无监督聚类分析：对数变换

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

热图示例

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

使用相关性热图的层次聚类

# 从对象中提取 vst 矩阵
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# 计算成对相关系数
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

相关矩阵

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

使用相关性热图的层次聚类

# 加载 pheatmap 库
library(pheatmap) 

# 绘制热图
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
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使用相关性热图的层次聚类

野生型热图

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Passons à la pratique !

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