主成分分析

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

PCA 示例

主成分分析（PCA）：理论

PCA 双样本

主成分分析（PCA）：理论

PC2

主成分分析（PCA）：理论

主成分影响

主成分分析（PCA）：理论

PCA 影响

主成分分析（PCA）：理论

PCA 影响

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5

PCA 样本数值

PCA 示例

主成分分析（PCA）：理论

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

让我们来练习！

使用 R 中的 Bioconductor 进行 RNA-Seq 分析