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在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

John Blischak

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# Create a Venn diagram
vennDiagram(results)

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

p 值直方图

  • limma 函数 topTable

  • 指定对比

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

火山图

  • limma 函数 volcanoplot

  • x 轴：对比组间表达的对数倍数变化

  • y 轴：差异表达的对数优势比

  • 指定对比，如 coef = "dox_wt"

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

KEGG 富集检验

  • limma 函数 kegga 和 topKEGG

  • 指定对比，如 coef = "dox_wt"

  • 用 species = "Mm" 指定小鼠物种

    • Mm == Mus musculus（家鼠）
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在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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